Satuan Pengawasan Internal (SPI) merupakan organ pengawasan dalam organisasi dan tata kerja serta Statuta Perguruan Tinggi sebagaimana diatur dalam PMA Nomor 25 Tahun 2017 tentang SPI Pada PTKN, PMA Nomor 34 Tahun 2018 tentang Ortaker IAIN Madura, dan PMA Nomor 10 Tahun 2019 tentang Statuta IAIN Madura.

Amanat PMA Nomor 25 Tahun 2017, setiap PTKN harus menetapkan Piagam Pengawasan sebagai komitmen atas berfungsinya pengawasan pada masing-masing PTKN. Untuk itu, Rektor IAIN Madura telah menetapkan Piagam Pengawasan untuk IAIN Madura.