Pengendalian adalah proses pemantauan, penilaian, dan pelaporan rencana atas pencapaian tujuan yang telah ditetapkan untuk tindakan perbaikan guna penyempurnaan lebih lanjut. Pengendalian merupakan bagian dari internal control dalam pelaksanaan pengawasan oleh SPI IAIN Madura. Beberapa bentuk pengawasan yang telah ditetapkan oleh SPI yaitu Pemeriksaan, Reviu, Pemantauan, dan Evaluasi pada bidang objek pengawasan yaitu perencanaan, keuangan, sumber daya manusia, organisasi, sarana dan prasarana, serta teknologi informasi. 

Pengawasan dilakukan dalam rangka menjaga kepatuhan, kinerja, dan mutu perguruan tinggi supaya dapat mencapai sasaran yang hendak dicapai. Pengendalian dilakukan berdasarkan penugasan dari Rektor dengan menetapkan keputusan Program Kerja Pengawasan Tahunan (PKPT) untuk 1 (satu) tahun berjalan. 

Objek pengawasan bidang SDM terdiri dari:

1. Pelaksanaan tugas dan fungsi SDM sesuai dengan informasi jabatan dan kompetensi.
2. Ketaatan SDM terhadap peraturan dan kebijakan
3. Program pengembangan SDM
4. Pemenuhan formasi SDM
5. Kesesuaian sistem kepegawaian antara unit kerja dan institusi
6. Penilaian kinerja SDM

Objek pengawasan bidang organisasi terdiri dari:

1. Pelaksanaan SPIP
2. Tindak lajut hasil pemeriksaan
3. Tata laksana dan Layanan
4. Laporan Kinerja Organisasi
5. Layanan Pengaduan

Objek pengawasan bidang perencanaan terdiri dari:

1. Perencanan kegiatan dan penganggaran

Objek pengawasan bidang keuangan terdiri dari:

1. Kinerja anggaran dan pembayaran
2. Pengelolaan PNBP
3. Laporan Keuangan

Objek pengawasan bidang sarana dan prasarana terdiri dari:

1. Pengadaan barang dan jasa
2. Pengelolaan Ase/BMN

Objek pengawasan bidang teknologi informasi terdiri dari:

1. Layanan Internet
2. Sistem informasi elektronik